Une attention particulière doit être accordée à l'utilisation du HEPES : ajuster le pH en fonction de la température expérimentale, contrôler la concentration, éviter la lumière et l'emballage pour prévenir la décomposition, éviter les concentrations élevées ou les cycles de congélation-décongélation répétés, filtrer et stériliser après la préparation, effectuer des opérations aseptiques strictes et effectuer une vérification de compatibilité pré-expérimentale pour garantir la précision expérimentale.